展厅开放后，最初大多为招商局系统员工，后来，许多专家、学者、中外客商、居民、周边企业职工、外地游人也纷至沓来，前来参观的人络绎不绝。在短短的四个月时间里，参观者已过千人。

与中国近现代历史的紧密关联，使招商局史料陈列馆有了丰富的文化内涵，远远超出了一般企业史料馆的范畴，具有了深刻的社会历史性。参观活动的增多，促使陈列工作不断改进，并且对馆藏档案的收集、管理、发掘、研究利用等工作都提出了更高的要求，档案馆的工作重点也超出了原来的档案工作范畴。于是，招商局集团胡政副总裁萌生了建立“招商局历史博物馆”的想法，在经过一段准备工作后，博物馆筹建工作由档案馆负责开展。

2004年5月17日，招商局向深圳市文化局呈报了《关于申请命名“招商局历史博物馆”的请示》，深圳市文化局局长陈威同志亲自带队来馆视察后，认为在进一步丰富历史实物和史料的基础上，可以将招商局史料陈列馆改造成招商局历史博物馆，并建成爱国主义教育基地，这对大力弘扬“爱国、自强、开拓、诚信"的招商局企业精神，激励工商企业和各界人士为祖国繁荣而努力奋斗具有重要意义。7月30日，深圳市文化局对招商局正式复函予以批准，并表示全力支持设立“招商局历史博物馆”，认为“招商局历史博物馆”在馆址、机构、经费、藏品、基本陈列和消防安全等方面已具备了设立“招商局历史博物馆”的各项条件，同意将“招商局历史博物馆”作为深圳唯一企业办的行业博物馆，纳入全市博物馆管理系列，并对成立后的主要工作任务做出了指导。
而具体怎样实施、操作，那时都还不是很清晰。于是档案馆乐俊人馆长带领主要业务人员走访了深圳市文物管理委员会、深圳市博物馆，虚心请教，文管办黄中和主任、博物馆杨耀林副馆长进行了认真地分析、指导，给了许多经验与借鉴。

给博物馆一个定位，是当时的首要任务。有主张展现中国航运历史的，有主张展现招商局自身历史的，经过反复讨论，最终认为在现有陈列基础上，丰富实物展品，展示企业历史是最为可行的。因此，开馆前，博物馆确定为以收藏招商局的历史文物、展示招商局的发展历程，研究中国近现代经济发展为宗旨。
2004年9月6日，是招商局首个公司日，招商局集团将招商局历史博物馆开馆这一盛举定在公司日举行。

步入新馆，最夺目的亮点便是全新设计布展的史料陈列馆。它采用写实手法，构思新颖，图文并茂，色彩凝重而又赏心悦目，明暗有致的灯光效果，久远深邃的历史气息，令人叹为观止。它以时间为主线，展出了包括李鸿章创立招商局的奏折、开办之初的招商入股书、招商局第一个章程、招商局股票、龙头印章、晚清漕运文献、招商局抗日沉船的船体遗骸、招商局海员起义生死状、李先念主席批准建立蛇口工业区时圈划的香港明细全图、邓小平题写的“海上世界”等近500件文物，再现了招商局130年来的风雨历程，也反映了我国民族工商企业一个多世纪以来的艰难发展。许多参观者看后，很是感慨、激动，一方面觉得所展史料丰富珍贵、反映的内容与社会历史互为映证，真实、可信，另一方面，对招商局历史有了深入地了解后，为经历这么多坎坷如今依旧生机盎然的民族企业、为伟大祖国的复兴，感到自豪、振奋。曾有外国客商看后表示，这样一个展示悠久历史的企业史料陈列馆，在国外也是不多见的。

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